L’agriculture biologique favorise la diversité microbienne dans les sols des vergers d’agrumes

Une étude italienne publiée en 2025 dans Microbiological Research met en évidence les bénéfices des pratiques agricoles biologiques sur les sols des vergers d’agrumes dans l'Est de la Sicile. Les chercheurs ont montré que la gestion biologique des vergers favorise une plus grande diversité microbienne et améliore les cycles naturels des nutriments, deux éléments essentiels au maintien de sols fertiles et résilients.

Selon les auteurs, l’usage intensif de pesticides dans les systèmes conventionnels perturbe les communautés microbiennes du sol (bactéries, champignons), réduisant certaines fonctions biologiques clés comme la fixation de l’azote et la solubilisation du phosphore. À l’inverse, la gestion biologique des vergers permet le développement de réseaux microbiens plus complexes, plus riches et plus diversifiés, capables de soutenir la biodiversité et de renforcer la résistance naturelle des cultures face aux stress environnementaux.

Ces résultats s’inscrivent dans un ensemble croissant de recherches montrant que la santé des sols joue un rôle majeur dans la régulation des ravageurs et la réduction de la dépendance aux intrants chimiques (engrais, pesticides). Une biodiversité microbienne riche contribue notamment à limiter certains pathogènes du sol et à améliorer la résilience des agroécosystèmes.

Enfin, les auteurs soulignent que la biodiversité microbienne constitue un élément clé de la durabilité des agroécosystèmes et pourrait contribuer à réduire la dépendance aux pesticides et fertilisants chimiques.

Référence 

➤ Sebastiano Conti Taguali, Rhea Pöter, Francesco Aloi, et al. (2025). Influence of environmental and agronomic variables on soil microbiome in citrus orchards: A comparative analysis of organic and conventional farming system. Microbiological Research, Volume 299, 2025. https://doi.org/10.1016/j.micres.2025.128260.

 

Cultiver sans pesticides, c'est possible

Vers des systèmes agricoles performants sans pesticides  

L’agriculture conventionnelle est fondée sur l’usage massif d’intrants chimiques, notamment des pesticides de synthèse pour lutter contre les ravageurs, les agents phytopathogènes et les mauvaises herbes (adventices). Ainsi, elle contribue fortement à la contamination des écosystèmes et à l’érosion de la biodiversité, tout en générant des coûts économiques et sanitaires importants pour la société. Face à ces enjeux, une équipe de chercheurs coordonnée par INRAE a mené pendant 10 ans une vaste expérimentation pour évaluer la faisabilité de systèmes de production agricoles sans pesticides de synthèse. Menée en partenariat avec École d’ingénieurs de Purpan et le CIRAD, cette étude s’inscrit dans le dispositif expérimental Rés0Pest et couvre différents agrosystèmes pédoclimatiques en France.

(OP)

Une expérimentation à grande échelle

Neuf systèmes de culture (grandes cultures, polyculture-élevage) ont été conçus avec des agriculteurs et des conseillers agricoles. L’objectif était ambitieux : supprimer totalement l’usage des pesticides (y compris les traitements par enrobage de semences), tout en maintenant des niveaux de production viables. Les chercheurs ont misé sur des mesures prophylactiques non chimiques et des principes agroécologiques tels que la diversification et l’allongement des rotations, la sélection de variétés adaptées, la gestion mécanique des adventices et le renforcement de la biodiversité fonctionnelle (cultures associées, cultures intermédiaires, mélanges de variétés, etc.). Le travail du sol, notamment le labour, et l'usage d'engrais minéraux sont restés possibles lorsque nécessaire, même si ceux-ci ne sont pas toujours conformes aux principes de l’agriculture de conservation des sols.

Des résultats encourageants

Au terme des dix années, les résultats montrent que produire sans pesticides est techniquement possible et économiquement viable pour les agriculteurs. Les rendements sont généralement inférieurs à ceux des systèmes conventionnels (avec recours aux pesticides), mais certains dispositifs ont atteint des performances comparables, voire supérieures selon les contextes. Surtout, aucune augmentation significative durable des dégâts liés aux maladies ou aux ravageurs n’a été observée.
La gestion des mauvaises herbes (adventices) reste le principal défi, nécessitant parfois davantage de travail du sol (labour). Malgré cela, plusieurs systèmes ont démontré une viabilité économique satisfaisante, avec des niveaux de revenu compatibles avec une activité agricole pérenne.

Un levier pour la transition agroécologique

Selon cette étude, une agriculture sans pesticides est possible, à condition de repenser en profondeur les systèmes de culture, notamment en diversifiant les rotations et les pratiques culturales, et d’agir à plusieurs niveaux. Cela implique d’organiser des filières et des circuits de commercialisation adaptés, de mieux valoriser économiquement les produits issus de ces systèmes, d’offrir un accompagnement technique aux agriculteurs et de mettre en place des politiques publiques cohérentes pour soutenir cette évolution. Ces résultats apportent ainsi des éléments concrets au débat sur la transition agroécologique et éclairent les trajectoires possibles vers une agriculture plus durable.

Références 

Ortiz-Vallejo D., Cellier V., Deytieux V. et al. (2026). Pesticide-free agriculture: is a third way possible besides organic and conventional agriculture? Plant Disease, DOI: https://doi.org/10.1094/PDIS-09-25-1839-FE 

INRAE. Une étude expérimentale menée sur 10 ans montre le potentiel de systèmes de production agricoles sans pesticides. Communiqué de presse, 19 février 2026. www.inrae.fr/actualites/etude-experimentale-menee-10-ans-montre-potentiel-systemes-production-agricoles-pesticides

Rés0Pest : Réseau expérimental de systèmes de culture zéro pesticides en Grande Culture et Polyculture-Elevage. https://reseau-pic.hub.inrae.fr/projets/res0pest

 

Stimulateurs des défenses naturelles des plantes

Diverses substances naturelles ou synthétiques peuvent stimuler les défenses naturelles des plantes saines contre les champignons et les bactéries phytopathogènes voire certains phytovirus; après avoir été reconnues par des récepteurs membranaires, ces substances appelées éliciteurs exogènes induisent une série de réactions métaboliques comme la production de signaux d'alerte (acide salicylique, acide jasmonique, éthylène), de protéines de défense (protéines PR, péroxydases, chitinases, etc.) ou de substances antimicrobiennes (phytoalexines) et qui peuvent conduire à des réponses physiologiques comme l'épaississement des parois cellulaires.

Fondée sur le même principe que la vaccination, la stimulation des défenses naturelles permet aux plantes saines d'acquérir une certaine résistance contre les agents infectieux (résistance systémique acquise) qui peut durer de quelques jours à quelques semaines. On distingue deux types de Stimulateurs des défenses naturelles des plantes (SDN ou SDP) soit les éliciteurs qui stimulent les réactions métaboliques de défenses dès leur application et les potentialisateurs qui les déclenchent uniquement lorsque la plante traitée est infectée. Tous deux agissent de façon préventive et systémique sans entrer en contact avec les agents phytopathogènes. Leur persistance d'action est toutefois limité et les traitements doivent être renouvelés fréquemment.

Les SDP ne sont pas à proprement parlé des fongicides car ils n'exercent aucune toxicité directe sur les champignons ou les bactéries.

Il est à noter qu'on trouve sur le marché de nombreux produits fertilisants commercialisés comme «phytostimulants», «biostimulants» ou «bioactivateurs» ce qui laissent à penser qu'ils possèdent une activité SDP. En stimulant la microflore du sol, les biostimulants favorisent en effet  l'absorption des nutriments minéraux par les plantes et, ce faisant, augmente leur vitalité et leur tolérance aux stress abiotiques ou aux maladies. Toutefois, leur efficacité pour prévenir les maladies ne peut être garantie.

SDP naturels

Quelques SDP naturels d'origine végétale, animale ou bactérienne sont homologués dans le monde :

• la laminarine est un polysaccharide à base de glucanes (β-1,3-glucanes) extrait d’algues brunes (Laminaria digitata) et est efficace sur le blé, l'orge, le riz, le tabac et le pommier. Elle est homologuée en France pour prévenir la tavelure du pommier et le feu bactérien du pommier et du poirier (Bernardon-Méry A. et al., Phytoma 2013).
• la chitosane (β-1,4 poly D glucosamine) est un polysaccharide obtenu par désacétylation de la chitine extraite de la cuticule des Crustacés (El Hadrami A. et al, Marine Drugs 2010). Elle est homologué aux États-Unis pour prévenir les maladies fongiques sur la vigne.
• l'harpine, un peptide riche en glycine produit par la bactérie Erwinia amylovora, est efficace contre divers agents phytopathogènes, y compris certains phytovirus, sur le cotonnier, le tabac, la tomate, le piment, le fraisier, etc. (Wei ZM, Science 1992). Elle est homologué aux États-Unis depuis 2002 et pourrait être utilisée prochainement pour traiter les semences.
  
• L'extrait de graines de Fenugrec ou trigonelle (Trigonella foenum-graecum, Fabaceae) est homologué en France pour protéger la vigne contre l'oïdium. Cet extrait est riche en protéines, en éléments minéraux et en flavonoïdes.
• Le Milsana à base d'extraits de renouée de Sakhaline (Reynoutria sachalinensis, Polygonaceae) est autorisé en Allemagne et aux États-unis. Il contient entre autres du resvératrol, un polyphénol aux propriétés antifongiques (mildious, Botrytis) et antibactériennes.

Non toxiques pour la faune et les humains, ces substances naturelles se décomposent rapidement dans les plantes et l'environnement et ne laissent donc aucun résidu. Leur emploi est généralement compatible avec le cahier des charges de l'agriculture biologique. Ils sont aussi souvent associés à des fongicides de synthèse dans des programmes de lutte intégrée ou des stratégies anti-résistance.

SDP synthétiques

Divers SDP synthétiques sont commercialisés :

• les phosphonates (ou phosphites) de potassium ou de sodium préviennent le mildiou de la vigne, le Phytophtora des arbres fruitiers ou le Pythium des gazons.
• le foséty-al est utilisé sur la vigne contre le  mildiou et la pourriture noire.
• l'acibenzolar-S-methyl est un benzothiadazole analogue structural de l'acide salicylique et prévient l’oïdium chez le blé, la moucheture bactérienne (Pseudomonas syringae) chez la tomate ainsi que les cercosporioses chez le bananier. Il est l'ingrédient actif du Bion qui est commercialisé en France.
• la probénazole, un autre benzothiadazole, est employée au Japon pour protéger le riz contre la pyriculariose (Magnaporthe grisea) et les bactérioses dues à Xanthomonas oryzae.

D'origine industrielle, ces composés synthétiques ne sont pas autorisés en agriculture biologique.

L'allélopathie, une nouvelle voie pour maîtriser les adventices

Plusieurs plantes ont la capacité de synthétiser et de diffuser dans leur environnement par volatilisation ou exsudation racinaire des composés organiques qui inhibent la germination ou la croissance de plantes voisines d'espèces différentes. Cette interaction chimique entre plantes appelé allélopathie joue un rôle important dans la compétition interspécifique pour les ressources de l'environnement chez les végétaux.

L'allélopathie offre aussi des perspectives intéressantes pour la gestion des "mauvaises herbes" ou adventices, notamment pour réduire l'utilisation des herbicides synthétiques et développer de nouveaux herbicides naturels. Les composés allélopathiques sont des métabolites secondaires (non essentiels au métabolisme général des plantes), tels que des flavonoïdes, des quinones, des acides phénoliques (acide salicylique) ou des terpénoïdes (eucalyptol). En particulier, les Labiées produisent des huiles essentielles qui pourraient servir de bioherbicides.

L'effet allélopathique peut être utilisé directement en cultivant des plantes intercalaires  ou indirectement en enfouissant certaines plantes ou produits végétaux qui en se décomposant libèrent des huiles essentielles aux propriétés herbicides. L'installation de plantes de couverture ou l'épandage de résidus végétaux permet en outre de protéger le sol contre l'érosion, d'augmenter son taux de matière organique et sa capacité de rétention de l'eau; ils sont une composante essentielle de l'agriculture de conservation qui exclut le labour.

Pour en savoir plus : 

• Utilisation des cultures allélopathiques pour maîtriser les mauvaises herbes (Organic Agriculture Centre of Canada, 2012)
• Utilisation de cultures à huile essentielle comme désherbant en productions végétales biologiques (MAPAQ, 2012)

Les bienfaits de l'agriculture biologique sur la qualité des sols

Interface et zone d'échange entre la lithosphère, l'atmosphère et la biosphère, le sol est un milieu vivant complexe, composé de matières organiques et minérales. Son rôle en agriculture est fondamental. Il abrite en effet une multitude de microorganismes et d'invertébrés détritivores (bactéries, champignons, vers de terre, insectes, etc.) qui transforment la matière organique en matière minérale et fournissent aux plantes les nutriments nécessaires à leur croissance.

Des chercheurs suisses ont comparé, sur plus de 20 ans, des parcelles biologiques et traditionnelles alternant différentes cultures (pommes de terre, orge, blé d’hiver, betteraves et trèfle). Leur étude comparative montre que l'usage intensif de pesticides et d'engrais diminuent considérablement la qualité des sols en les appauvrissant en microorganismes et en matières organiques. Dans les parcelles traditionnelles, cet  appauvrissement des sols est tel qu'il faut multiplier les apports en phosphates et en nitrates. Par contre, dans les parcelles biologiques, le développement de la microfaune permet d'enrichir naturellement le sol en nutriments dont les plantes ont besoin.

Les chercheurs ont aussi constaté que les insectes auxiliaires, parasitoïdes et prédateurs de parasites, étaient beaucoup plus nombreux dans les parcelles biologiques. La présence de ces insectes auxiliaires assure une protection naturelle des cultures contre les ravageurs, et évite l'épandage d'insecticides. Malgré des baisses de rendement de l'ordre de 20 % observées dans les cultures biologiques, celles ci demeurent économiquement rentables à long terme, car elles permettent d'éviter les dépenses coûteuses associées à l'utilisation des produits chimiques (engrais, pesticides, etc.).
(Source : e-meddiat, M. Jahnich, 05.09.07)

Référence :

• Fliessbach A., et al. ,2006. Soil organic matter and biological soil quality indicators after 21 years of organic and conventional farming. Agriculture, Ecosystems and Environment 118: 273-28 [Résumé en anglais]

Un nouveau procédé de défoliation thermique pour lutter contre le syndrome du "coton collant"

L'Aleurode du tabac (Bemisia tabaci) et le Puceron du cotonnier (Aphis gossypii) sont deux hémiptères qui affectent depuis plusieurs années les plantations de coton du Sud-Ouest des États-Unis et sont responsables du syndrome de "coton collant". Leurs sécrétions de miellat sont si abondantes qu'elles rendent difficiles la récolte et le conditionnement mécaniques du coton en bloquant les mécanismes des machines agricoles.
Des chercheurs du Département de l'agriculture des États-Unis (USDA - ARS) et de l'université d'État du Nouveau Mexique ont mis au point une nouvelle méthode de défoliation thermique pouvant être utilisée un ou deux jours avant la récolte et par tout temps. De l'air chauffé à 193°C par la combustion de propane est propulsé à l'aide d'une machine sur les plants et permet d'éliminer leur feuillage sans altérer la qualité du coton.
Non toxique, ce procédé est compatible avec les règles de l'agriculture biologique. En outre, le propane est une source d'énergie relativement propre dont la combustion émet très peu de gaz à effet de serre et autres polluants atmosphériques. (OP)
Source : OPIE - Épingles 2006
Référence: "Researchers discover dramatic insect control with innovative thermal cotton defoliation technology " (Seedquest, 19 janvier 2006)

"Pas de Pays Sans Paysans", un film de Ève Lamont

L'agriculture industrielle pratiquée à l'échelle de la planète est actuellement en crise, y compris au Canada et au Québec :

• utilisation massive d'intrants chimiques (engrais, pesticides de synthèse) qui menacent la santé humaine et l'environnement;
• prolifération des plantes transgéniques sans véritable contrôle;
• élevages industriels et méga porcheries;
• destruction des écosystèmes et perte de la biodiversité;
• disparition des fermes familiales;
• etc.

"Pas de Pays Sans Paysans", le documentaire engagé de la réalisatrice québécoise Ève Lamont, dresse un sombre tableau de l'agriculture et dénonce son industrialisation, sous la pression des multinationales de l'agrochimie, au détriment de l'environnement et de la qualité de ses aliments. À travers la rencontre de différents agriculteurs et citoyens dans les campagnes du Québec, de l'Ouest canadien et de la France, Ève Lamont montre qu'il est possible et urgent de produire et de cultiver autrement. "Pas de Pays Sans Paysans'' propose une autre vision de l'agriculture, celle d'une agriculture paysanne et biologique qui respecte l'environnement, la santé et l'autonomie des paysans.

Pour en savoir plus:

• Pas de Pays Sans Paysans de Ève Lamont (ONF, 2005, 90min.)
• Pas de pays sans paysans. Souveraineté alimentaire ou agrobusiness? (À Bâbord, volume No12, décembre 2005 / janvier 2006)