Organismes fongiformes ou pseudo-champignons

Les organismes fongiformes ou « pseudo-champignons » sont des Eucaryotes hétérotrophes qui partagent certains traits morphologiques communs ou modes de vie avec les vrais champignons (Fungi ou Eumycètes). Autrefois classés parmi les champignons, ils appartiennent désormais à des groupes phylogénétiques distincts sans liens de parenté avec les vrais champignons. Toutefois, ils relèvent traditionnellement de la mycologie. 

On distingue trois groupes distincts :

• Les Oomycètes ou Oomycota (Stramenopiles)
• Les Myxomycètes ou Mixomycotina (Amaebozoa)
• Les Plasmodiophorida (Rhizar, Cercozoa) 

Oomycètes

Appartenant aux Stramenopiles ou Hétérokontes (Heterokonta) au sein du règne des Chromistes (Chromista), les Oomycètes (littéralement mycètes contenant des œufs) sont des organismes filamenteux aquatiques apparentés aux algues brunes et aux diatomées. Leur appareil végétatif de type fongique est constitué de filaments non cloisonnés, mais contrairement aux champignons, leurs parois cellulaires sont dépourvues de chitine et sont composées de cellulose et de glucanes. 

Leur reproduction sexuée est caractérisée par la formation d'oospores (œufs diploïdes à paroi épaisse) qui résultent de la fécondation d'une oosphère produite par un gamétocyste femelle (oogone) et un gamète mâle produit par un gamétocyste mâle (spermatocyste); ce dernier forme un tube copulateur qui pénètre l'oogone. Très résistantes, les oospores assurent la conservation dans le sol ou sur les débris végétaux pendant l'hiver.

Dominante, la reproduction asexuée est assurée par des zoospores biflagellées qui leur permettent de nager en milieu liquide (milieux aquatiques, eau interstitielle des sols, film d'eau à la surface des organes végétaux). Comme chez tous les Stramenopiles ou Hétérochontes, les zoospores sont munies de deux flagelles différents, un lisse et un velu. Elles sont produites par des sporocystes ou sporanges. Dans des conditions défavorables, les zoospores peuvent perdre leurs flagelles et s'enkyster pour former une spore à paroi épaisse très résistante.

Si certaines espèces sont des saprophytes qui vivent dans les milieux aquatiques ou dans les sols humides, la plupart sont des parasites de plantes ou d'animaux (insectes, crustacés, poissons), plus rarement des humains. Plusieurs espèces sont d'importants agents phytopathogènes.

Les Oomycètes regroupent de 800 à 1200 espèces selon les auteurs et sont réparties en plusieurs groupes dont les principaux sont les suivants :

• Les Peronosporales
• Les Pythiales
• Les Albuginales
• Les Saprolegniales

Peronosporales

Ce groupe est le plus important en nombre d’espèces et du point de vue de ses impacts en agriculture et en horticulture. Il comprend de nombreux phytopathogènes responsables de maladies majeures chez les plantes et arbres cultivés, notamment les mildious et diverses pourritures racinaires (pourridié). Parmi les genres les plus représentatifs figurent Peronospora, Phytophthora, Plasmopara, Hyaloperonospora et Bremia. Ces agents pathogènes affectent de nombreuses plantes d’intérêt agronomique, comme la vigne, la pomme de terre, la tomate, le pommier, le chêne ou le châtaigner.

Endoparasite obligatoire, Plasmopora viticola est l'agent du mildiou de la vigne. Il se développe surtout sur les feuilles et se manifeste par des tâches brunes ou jaunes de forme polygonale sur leur face supérieure (gauche) et par un feutrage blanchâtre, correspondant aux fructifications ou sporocystophores sur leur face inférieure (droite). D'origine américaine, Plasmopora viticola fut introduit en France en 1878. Il est depuis un des principaux parasites des vignes européennes. Crédit photo: Clemson University - USDA Cooperative Extension Slide Series, Bugwood.org

Phitophtera infestans est responsable du mildiou de la pomme de terre, à l'origine de la grande famine des années 1840 en Irlande. Il se manifeste par des tâches brunes sur les feuilles et les tiges. Les tubercules infectés développent aussi des tâches noires et pourrissent rapidement. Principale maladie de la pomme de terre répandue dans le monde entier, il infecte aussi la tomate et d'autres Solanacées. Crédit photo : William M. Brown Jr., Bugwood.org 

Pythiales 

Les Pythiales sont un groupe très diversifié comprenant à la fois des saprophytes des racines et du sol et des parasites opportunistes de plantes et d'animaux. Le genre le plus commun et le plus redouté est Pythium, dont plusieurs espèces (par exemples, P. ultimum, P. sylvaticum) sont pathogènes chez des plantes cultivées. Elles sont responsables de diverses maladies comme la fonte des semis, la pourriture racinaire (pourridié) et la pourriture aqueuse . 

Ce groupe inclut également des espèces parasites d’insectes. C'est le cas, par exemple, de Lagenidium giganteum qui est un parasite facultatif des larves de nombreuses espèces de moustiques et qui est utilisé comme bioinsecticide aux États-Unis.

Albuginales

Les Albuginales sont des endoparasites obligatoires de plantes, responsables des rouilles blanches. Ces maladies se manifestent par la formation de pustules blanchâtres sur les feuilles, les tiges ou les fruits. Elles peuvent causer des pertes significatives chez quelques plantes cultivées comme la betterave, le chou ou la moutarde. Le genre le plus représentatif est Albugo.

Albugo candida responsable de la rouille blanche des crucifères sur une feuille de moutarde. La face inférieure de la feuille est couverte de pustules blanches correspondant aux sporangiophores qui libèreront les zoospores.  Crédit photo: Gerald Holmes, Strawberry Center, Cal Poly San Luis Obispo, Bugwood.org

Saprolegniales

Ce groupe rassemble principalement des saprophytes aquatiques, mais également des parasites d’animaux  et de plantes. Saprolegnia parasitica est une espèce pathogène bien connue en aquaculture, responsable de mycoses mortelles chez les salmonidés (saumons, truites) et autres poissons d’élevage, mais aussi chez les crustacés (écrevisses) et les amphibiens. Chez les plantes, Aphanomyces euteiches provoque la pourriture racinaire du pois et du haricot, entraînant d’importantes pertes agricoles.

Myxomycètes

Les Myxomycètes sont des Amibozoaires (Amoebozoa), soit des protozoaires à plasmode. Correspondant à une agrégation de plusieurs cellules, un plasmode est une masse de cytoplasme gélatineuse gluante mouvante sans paroi et contenant plusieurs noyaux qui ressemble à une amibe. De forme irrégulière, le plasmode peut atteindre quelques centimètres de diamètre et se déplacer de quelques centimètres par heure.

Les Myxomycètes sont des saprophytes qui vivent surtout sur les végétaux morts et en décomposition (bois morts, feuilles mortes, compost) mais aussi sur les mousses et les graminées, notamment les pelouses. Contrairement aux vrais champignons et aux Oomycètes, ils se nourrissent par phagocytose (ingestion par invagination de la membrane) de débris végétaux, de bactéries, de microalgues, de levures, de moisissures et des spores de champignons.

En conditions défavorables, par exemple en l'absence d'eau ou en période hivernale, les Myxomycètes peuvent survivre plusieurs années sous forme de sclérotes (masses compactes). Les plasmodes forment des sporocystes à l'air libre qui en séchant libèrent des spores haploïdes. Disséminées par le vent, celles-ci germent lorsque les conditions sont favorables pour donner des zoospores biflagellées ou des cellules amiboïdes. 

Fuligo septica Crédit photo: Sandra Jensen, Cornell University, Bugwood.org

Sur les bois morts humides, Lycogola forme des fructifications qui ressemblent à de petits coussinets orangés à bruns. Crédit photo: Curtis E. Young, The Ohio State University, Bugwood.org

Plasmode de Physarum polycephalum, communément appelé Blob (en jaune), formé sur une écorce d'arbre. Crédit photo: frankenstoen — flickr, CC BY 2.5, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=18930526 

Plasmodiophorida

Rattachés aux Myxomycètes dans l'ancienne classification des champignons, les Plasmodiophoromycètes ou Plasmodiophoracées (Plasmodiophoraceae) sont des organismes amiboïdes appartenant au groupes des Rhizariens et des Cercozoaires. Comme les Myxomycètes, ils forment des plasmodes à plusieurs noyaux. Toutefois, ce sont des parasites intracellulaires obligatoires (endoparasites) qui se nourrissent et se déplacement à l'aide de pseudopodes. 

Plusieurs espèces sont parasites de plantes (Plasmodiophora spp., Polymyxa spp., Spongospora spp., Woronina spp.). Certaines d'entre elles peuvent en outre transmettre des virus aux plantes. Les Plasmodiophoromycètes phytopathogènes se transmettent par l'intermédiaire de zoospores biflagellées. Ils peuvent survivre pendant plusieurs années dans le sol sous forme de spores.

Plasmodiophora brassicaceae parasite les racines des plantes de la famille des Brassicacées (Crucifères) comme les choux, les navets et les radis. Il cause la formation de tumeurs galles fusiformes ou globuleuses, appelées hernies, qui entraînent la pourriture des racines, le flétrissement et la mort de la plante. Crédit photo: Gerald Holmes, Strawberry Center, Cal Poly San Luis Obispo, Bugwood.org

Olivier Peyronnet
Dernière mise à jour : novembre 2025