Basidiomycètes

Les basidiomycètes (Basidiomycota) regroupent environ un tiers des espèces de champignons (Fungi ou Eumycètes), soit 35 à 40 000 espèces décrites à ce jour, dont la plupart des espèces de champignons à chapeau familiers que l'on trouve dans nos forêts. Ils comptent aussi de nombreuses espèces phytopathogènes responsables de rouilles, de charbons ou de caries. 

Les basidiomycètes produisent des spores sexuées haploïdes, les basidiospores, formées à l'extrémité de cellules spécialisées en forme de massue, les basides. Ils se distinguent aussi des autres champignons par une reproduction sexuée prédominante et par la longue durée de vie de leur stade dicaryotique, au cours duquel leur mycélium se développe et produit les fructifications (ou sporophores) visibles à l’œil nu.  

Basides et basidiosopres : Les basides proviennent du mycélium dicaryotique (cellules à deux noyaux). Dans chaque baside, les noyaux fusionnent (caryogamie) puis subissent une méiose, produisant des basidiospores. À maturité, celles-ci sont ensuite projetées et dispersées par le vent, la pluie ou les animaux.
Crédit: Ressources naturelles Canada

 

Chez les champignons à chapeau, les basides sont regroupées sur des structures fertiles appelées hyménium, situées sur les lamelles ou dans les tubes sous le chapeau. L'ensemble du sporophore visible à la surface du sol ou du bois est ce que l’on appelle communément le « champignon » dans le langage courant. 

Coupe d'un champignon à lamelles © Jean-François Magne / Corif - LPO Île-de-France

Selon les classifications phylogénétiques, on distingue trois principaux groupes de basidiomycètes :

• les Pucciniomycotina (les rouilles)
• les Ustilaginomycotina (les charbons et caries)
• les Agaricomycotina (les polypores et les champignons à chapeau)

 

Pucciniomycotina

Anciennement appelés Urediniomycètes, les Pucciniomycètes (Puciniomycotina) comprennent près de 8000 espèces qui sont principalement des parasites obligatoires de plantes sauvages ou cultivées dont de nombreuses graminées et céréales (Poaceae) et des conifères. Quelques unes sont saprophytes ou parasites d'insectes ou de champignons. Certaines se sont adaptées à la vie aquatique en eaux douces ou marines. 

L’ordre des Pucciniales regroupe l’ensemble des champignons phytopathogènes responsables des rouilles, qui se manifestent par des taches foliaires ou des pustules sur les feuilles ou les tiges. Ils ont des cycles de vie très variés, parfois complexes, qui peuvent nécessiter deux plantes hôtes différentes (par exemple le blé et l'épine-vinette) et impliquer de nombreux types de spores de conservation et de dissémination : spermatie, écidiospore (spore de dissémination infectant l'hôte principal), urédospore (spore asexuée de multiplication secondaire en saison), téliospore (spore de survie hivernale) et basidiospore (spore sexuée infectant l'hôte intermédiaire). Ces dernières sont souvent de couleur brune ou rousse d'où le nom de rouille donné à ces maladies.   

Plusieurs espèces, en particulier du genre Puccinia (Pucciniaceaes) ont des phytopathogènes d'importance économique, notamment très dévastateurs en céréaliculture (blé, avoine, orge, seigle, triticale).  

• Puccinia triticina, agent de la rouille brune (ou rouille des feuilles)
• Puccinia graminis, agent de la rouille noire (ou rouille des tiges)
• Puccinia striiformis, agent de la la rouille jaune (ou rouille strié)

Puccinia triticina (syn. P. recondita) est l'agent de la rouille brune (ou rouille des feuilles), la maladie du blé la plus répandue dans le monde entier. Très fréquente dans les zones fraiches et humides, elle diminue la photosynthèse et peut causer des pertes sévères de rendement. 

Pustules rouge orangée (urédosores) sur feuille de blé (Puccinia triticina f.sp. tritici). Ces pustules correspondent à des urédosores, c’est-à-dire des amas d’urédospores, spores asexuées qui assurent les contaminations secondaires répétées au cours de la saison Crédit photo: Thirunarayanan Perumal, Banaras Hindu University, Bugwood.org 

Puccinia graminis, agent de la rouille noire (ou rouille des tiges), est à l'origine d'épidémies mondiales très dévastatrices des cultures céréalières (blé, avoine, orge, triticale), pouvant localement exterminer une culture entière. Elle atteint surtout les tiges et forment des pustules brun foncé à noires. Son cycle de développement peut nécessiter un hôte intermédiaire, comme l'épine-vinette (Berberis vulgaris). 

Agent responsable de la rouille noire (ou rouille des tiges), Puccinia graminis est à l’origine d’épidémies mondiales particulièrement dévastatrices affectant les cultures céréalières telles que le blé, l’avoine, l’orge et le triticale. Dans les cas les plus sévères, la maladie peut entraîner la destruction quasi totale d’une culture. Le champignon infecte particulièrement les tiges, où il forme des pustules brun foncé à noires. Son cycle biologique est complexe et peut nécessiter un hôte intermédiaire, notamment l’épine-vinette (Berberis vulgaris), indispensable à l’accomplissement du cycle sexué.

Schéma du cycle de vie de Puccinia graminis illustrant ses différentes étapes : survie hivernale sous forme de télies, production des différents types de spores (urédiniospores, téliospores, basidiospores et écidiospores) et alternance d’hôtes entre le blé et l’épine-vinette pour compléter le cycle biologique. Crédit: USDA Agricultural Research Service , USDA Agricultural Research Service, Bugwood.org 

 

Les tâches ou pustules noires observées sur les tiges de blé infectées par P. graminis correspondent aux télies, des amas de téliospores (spores de survie du champignon). Elles apparaissent en fin de cycle, après les pustules rouge-brun (urédosores). Crédit photo: Mary Burrows, Montana State University, Bugwood.org 

Puccinia striiformis, agent de la rouille jaune (ou rouille striée), est répandu dans les régions tempérées. Cette maladie affecte surtout les feuilles de blé ou de seigle et se manifeste principalement par des pustules jaunes alignées en stries parallèles le long des nervures, d'où ses appellations vernaculaires. Son développement est favorisé par des conditions climatiques fraîches et humides. Dans certaines régions, le champignon peut se maintenir et se propager essentiellement par reproduction asexuée, grâce aux urédospores, sans nécessiter d’hôte intermédiaire.

Symptômes foliaires de la rouille jaune du blé causée par Puccinia striiformis var. striiformis Crédit photo: Gerald Holmes, Strawberry Center, Cal Poly San Luis Obispo, Bugwood.org 

 

Parmi les autres champignons de l'ordre des Pucciniales, responsables de rouilles ayant une importance agronomique ou forestière, on peut citer :

• Phakopsora pachyrhizi, agent de la rouille asiatique du soja
• Hemileia vastatrix, agent de la rouille orangée du caféier
• Gymnosporangium sabinae, agent de la rouille grillagée du poirier (ou rouille du genévrier)
• Cronartium ribicola, agent de la rouille vésiculeuse du pin blanc

Phakopsora pachyrhizi (Phakopsoraceae) est l’agent causal de la rouille asiatique du soja, considérée comme la maladie la plus dévastatrice du soja en Asie. Ce champignon infecte principalement le soja (Glycine max), mais peut également toucher d’autres légumineuses hôtes. Dans des conditions favorables (température modérée et forte humidité), la maladie peut entraîner une défoliation prématurée et des pertes de rendement pouvant dépasser 50 %, voire atteindre 80 % lors d’épidémies sévères.

La rouille du soja se manifeste par l’apparition de petites lésions chlorotiques à brunâtres sur les feuilles, évoluant vers la formation de pustules contenant des urédiniospores. Crédit photo: Tristan Mueller, Bugwood.org 

Hemileia vastatrix (Zaghouaniaceae) est l’agent responsable de la rouille orangée du caféier, l’une des maladies les plus destructrices affectant les plantations de café dans le monde. Dans les années 1870-1885, une épidémie majeure a notamment dévasté des plantations historiques à Ceylan (actuel Sri Lanka). Ce champignon s’attaque presque exclusivement aux espèces du genre Coffea, en particulier à Coffea arabica. L’infection provoque une défoliation sévère pouvant entraîner des pertes de rendement comprises entre 30 % et plus de 70 % lorsque les conditions environnementales sont favorables au développement du pathogène.

L’infection par Hemileia vastatrix se manifeste par l’apparition de taches jaune pâle sur la face supérieure des feuilles de Coffea arabica, suivies, sur la face inférieure, de masses poudreuses orangées correspondant aux urédiniospores. Crédit photo: Dr. Parthasarathy Seethapathy, Amrita School of Agricultural Sciences, Bugwood.org 

Gymnosporangium sabinae (Gymnosporangiaceae) est l'agent de la rouille grillagée du poirier (rouille du genévrier), qui affecte en alternance les poiriers (Pyrus spp.) et les genévriers (Juniperus spp.). Sur le poirier, elle se manifeste par des tâches orangées concentriques à la surface des feuilles, puis par des protubérances verruqueuses et coniques à leur face inférieure qui finissent par s'ouvrir pour libérer les spores; les spores libérées peuvent infecter uniquement les genévriers avoisinants. 

Feuilles d'un poirier infecté (faces inférieure) par Gymnosporangium sabinae. Les protubérances ouvertes signalent une contamination avancée. Crédit photo: Aloxe, CC BY-SA 4.0, via Wikimedia Commons

Maladie exotique introduite d' Europe au début du 20e siècle, la rouille vésiculeuse du pin blanc (Cronartium ribicola, Cronartiaceae) est l'une des plus importantes maladies invasives forestières en Amérique du Nord qui affecte les Pinaceae. Contrairement aux pins européens et asiatiques, les pins américains sont peu ou pas résistants au pathogène. Ses hôtes intermédiaire sont les arbrisseaux du genre Ribes (groseillier, cassissier). 

Les aiguilles de Pin blanc infecté par Cronartium ribicola, l'agent de la rouille vésiculeuse, deviennent brunes. Crédit photo : Claude Moffet - Service canadien des forêts / Ressources naturelles du Canada

Ustilaginomycotina

Les Ustilaginomycotina regroupent environ 1500 espèces qui sont des parasites de plantes responsables des charbons et des caries. À maturité, ils produisent des amas pulvérulents de spores noires (téleutospores ou téliospores) qui rappellent la suie, d'où le nom de charbon. Les téliopsores engendrent les basides.
Ce sont des pathogènes d'importance économique majeure qui affectent surtout les céréales (maïs, blé, seigle, riz) et la canne à sucre. Parmi les Ustilaginomycotina, on distingue principalement deux groupes (ordres) de phytopathogènes importants :

• Ustilaginales
• Tilletiales

 

Ustilaginales

Les Ustilaginales (genre Ustilago et apparentés, Ustilaginaceae) sont responsables des charbons véritables, caractérisés par des masses noires, poudreuses et pulvérulentes correspondant à des amas de téliospores (spores de résistance à paroi épaisse). Ces maladies affectent principalement les céréales (maïs, blé, orge), mais aussi  certaines autres graminées cultivées d’importance économique comme la canne à sucre.

Ustilago maydis est l’agent du charbon commun du maïs. Il provoque la formation de galles hypertrophiées (tumeurs) principalement sur les épis de maïs grain ou fourrager, qui évoluent en masses noirâtres. À maturité, les galles crèvent et libères des téliospores charbonneuses noires. Celles-ci peuvent réinfecter d'autres plants ou hiberner dans le sol. Récolté avant maturité, l'épi infecté qui est appelé huitlacoche au Mexique est un ingrédient sucré apprécié pour préparer des tacos et de quesadillas. Il est particulièrement riche en protéines et lysine. 

Malformation d'un épi de maïs causée par Ustilago maydis. Crédit photo: Daren Mueller, Iowa State University, Bugwood.org 

Récolte d'huitlacoche, ingrédient de la gastronomie mexicaine Crédit photo: P.F. Byrne, Bugwood.org P.F. Byrne, Bugwood.org

Ustilago hordei et Ustilago nuda sont responsables respectivement du charbon couvert et du charbon nu de l’orge. Ces maladies entraînent la transformation totale ou partielle des épis en masses sporifères noires, entraînant des pertes de rendement significatives.

Chez la canne à sucre, Sporisorium scitamineum provoque le charbon de la canne à sucre, caractérisé par l’apparition d’un « fouet » noir allongé constitué de tissus transformés et chargés en spores.

Fouet noir causé par Sporisorium scitamineum Crédit photo: Thirunarayanan Perumal, Banaras Hindu University, Bugwood.org 

 

Tilletiales

Les Tilletiales (Tilletia spp., Tilletiaceae) sont responsables des caries, également appelées charbons non pulvérulents. Contrairement aux charbons « nus », ces maladies se développent à l’intérieur des grains, qu’elles transforment en masses de téliospores, affectant notamment le blé et le riz.

• Tilletia caries (syn, T. tritici) et Tilletia laevis (syn. T. foetida) sont les agents responsables de la carie commune du blé, maladie particulièrement problématique dans les cultures biologiques de blé tendre en raison des possibilités limitées de traitement des semences.
• Tilletia indica, responsable de la carie de Karnal du blé, est un organisme réglementé et soumis à des mesures de quarantaine dans de nombreux pays en raison de son impact économique et commercial.

Ces espèces peuvent provoquer des pertes de rendement considérables (jusqu’à 80 % lors d’infections sévères) et altèrent fortement la qualité des grains, qui dégagent une odeur caractéristique de poisson due à la production de triméthylamine.

Épi de blé infecté par Tilletia ssp., agent de la carie du blé. À l'extrémité de l'épi, on aperçoit des grains infectés et gonflés qui contiennent les téliospores.  Crédit photo: Peggy Greb, USDA Agricultural Research Service, Bugwood.org

Agaricomycotina

Regroupant la majorité des basidiomycètes, soit environ 20 000 espèces décrites à ce jour, les Agaricomycotina sont divisés en trois grands groupes :

• Les Tremellomycetes
• Les Dacrymycetes
• Les Agaricomycetes

Si les Tremellomycetes (trémelles) et les Dacrymycetes sont des champignons gélatineux, principalement saprophytes (bois morts ou humides), les Agaricomycètes sont les plus diversifiés et les plus connus. Ils regroupent la majorité des champignons familiers qui produisent une fructification visible à l'oeil nu, le carpophore ou sporophore appelé plus communément chapeau. On y trouve des champignons comestibles comme les bolets, les cèpes, les girolles, les pleurotes, les champignons de Paris et des champignons toxiques comme les amanites. Certains d'entre eux peuvent causer des intoxications gastro-intestinales, des hallucinations, des troubles nerveux, voir même être mortels.

Les trémelles (Tremella spp.) sont des champignons gélatineux très courants, qui vivent en saprophytes sur le bois mort ou vivant des feuillus et qui parasitent d'autres champignons saprophytes, notamment les Corticiacées. Crédit photo: Joseph OBrien, USDA Forest Service, Bugwood.org

Très commun en Europe et en Amérique du Nord, le bolet granulé (Suillus granulatus) est un champignon comestible mycorhizien qui vit en symbiose avec les racines arbres (principalement des pins) sur les sols calcaires et acides. Crédit photo : Holger Krisp, CC BY 4.0, via Wikimedia Commons, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=157098801

 Sporophores d'amanite tue-mouches (Amanita muscaria), toxique (mais rarement mortel) et psychotrope (hallucinogène). Il contient de la muscarine, un alcaloïde neurotoxique qui agit sur certains récepteurs cholinergiques dits muscariniques. Crédit photo : Holger Krisp — Travail personnel, CC BY 3.0, Wikipédia

Plusieurs de ces champignons comme Marasmius oreades poussent en formant des colonies circulaires appelées ronds de sorcière ou cercle des fées dans les prés, prairies, gazons et pelouses. 

La majorité des Agaricomycètes sont des saprophytes impliqués dans la décomposition et le recyclage des matières végétales mortes, notamment du bois. C'est le cas, par exemple, des polypores qui vivent sur le bois mort ou parasitent des arbres affaiblis ou blessés. Certains Agaricomycètes sont des symbiontes en tant que constituants de lichens ou d'ectomycorhizes d’arbres forestiers. Enfin, certains sont des parasites de plantes, d'animaux ou d'autres champignons.

Appelé communément polypore marginé, Fomitopsis pinicola est un champignon saprophyte lignivore qui vit surtout sur le bois des conifères morts, endommagés ou malades. Comme tous les polypores, il joue un rôle important dans la décomposition et le recyclage du bois au sein des écosystèmes forestiers. Crédit photo: Joseph OBrien, USDA Forest Service, Bugwood.org

Les espèces du genre Armillaria sont aussi responsables du pourridié-agaric, une pourriture racinaire majeure qui touche plus d'une centaine d'arbres et arbustes, feuillus comme conifères, en particulier les arbres cultivés et les arbres affaiblis. Très cosmopolite et grave, cette maladie des racines et du pied des arbres constitue une menace pour l'exploitation forestière, les parcs naturels, les peuplements forestiers, les érablières, etc. en Amérique du Nord, en Europe, en Asie et en Australie. Les Armillaria spp. sont redoutées car elles peuvent survivre longtemps dans les souches et continuer à infecter d’autres arbres

 

Amarillia spp. se développent dans le sol et colonisent les racines en formant des mycéliums blancs sous l’écorce à la base de l'arbre infecté ainsi que des rhizomorphes (agrégat mycélien) brun-noir caractéristiques. L’infection entraîne un affaiblissement progressif, un jaunissement du feuillage et, à terme, la mort de l’hôte. Crédit photo : Joseph OBrien, USDA Forest Service, Bugwood.org 

Parmi les autres espèces phytopathogènes, on trouve le polypore du pin Heterobasidion annosum, un des pathogènes forestiers majeurs dans les forêts de conifères des régions tempérées (Amérique du Nord, Europe, Chine, Japon) qui cause des pourritures des racines, des tiges et du bois et quelques pathogènes cosmopolites importants des cultures légumières (Rhizoctone brun, Pourritures à Athelia). Habituellement saprotrophes du sol, les espèces du genre Rhizoctonia s'attaquent fréquemment à diverses plantes légumières affaiblies ou fragilisées. Par exemple, Rhizoctonia solani est responsable de plusieurs maladies importantes comme le rhizoctone brun de la pomme de terre, la fonte des semis ou les pourritures racinaires chez la betterave à sucre ou le concombre. La présence de l'herbicide glyphosate dans le sol favorise les infections par Rhizoctonia. D'autres Rhizoctonia sont associées aux mycorhizes chez les orchidées. 

Plants de pomme de terre affectés par Rhizoctonia solani  en plein champs. Crédit photo: Howard F. Schwartz, Colorado State University, Bugwood.org 

 

Olivier Peyronnet

Dernière mise à jour : février 2026

Publication : novembre 2025