Les champignons ont récemment attiré l’attention grâce à la série télévisée à succès The Last of Us, dans laquelle un champignon du genre Ophiocordyceps, ayant subi une mutation, prend le contrôle du cerveau humain et transforme les individus en zombies. Si ce scénario relève clairement de la science-fiction, il illustre néanmoins une inquiétude bien réelle exprimée par la communauté scientifique. En 2023, Sarah Gurr, spécialiste de la sécurité alimentaire à l’Université d’Exeter, alertait sur le risque croissant que représentent les champignons phytopathogènes dans un contexte de changement climatique :
Chaque année, les champignons phytopathogènes sont responsables de pertes agricoles estimées entre 10 et 23 % des récoltes, malgré l’utilisation intensive de fongicides. À ces pertes s’ajoutent des pertes post-récolte de l’ordre de 10 à 20 % (Stukenbrock et Gurr, Nature, 2023). Dans certaines régions du monde, notamment en Afrique subsaharienne, les conséquences peuvent être encore plus sévères : des études rapportent des pertes de rendement allant de 30 à 70 % sur le blé ou le maïs, liées à des agents tels que Fusarium graminearum ou ou Fusarium verticillioides (Benjamin et al., Discov Agric, 2024). La rouille du blé qui touche de nombreux pays peut détruire jusqu’à 100 % des récoltes dans certaines conditions.
Les champignons phytopathogènes constituent ainsi une menace majeure pour la sécurité alimentaire mondiale, particulièrement dans un contexte de croissance démographique et de réchauffement climatique. Pour des cultures vivrières essentielles comme le riz, le blé, le maïs, la pomme de terre ou le manioc, l’émergence ou l’intensification de maladies fongiques pourrait entraîner des pertes catastrophiques et fragiliser durablement les systèmes agricoles (Science Daily 2024).
Comme la biodiversité fongique mondiale reste très largement méconnue, la menace fongique sur les productions alimentaires est probablement sous-estimée : de nouveaux pathogènes pourraient émerger, notamment sous l’effet du changement climatique, qui favorise leur dispersion et modifie leur aire de répartition. Pour l’agriculture, cela souligne l’urgence de diversifier les pratiques (variétés résistantes, rotation, agroécologie, surveillance, biocontrôle) plutôt que de compter uniquement sur les fongicides, d’autant que la résistance des champignons et oomycètes aux fongicides est un problème croissant
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