Les plantes, tout comme les humains et les animaux cohabitent avec une multitude de micro-organismes (bactéries, champignons et autres microbes) qui constituent leur microbiote. Cette association étroite entre hôtes et microbiotes joue un rôle clé dans l’accès aux nutriments, la croissance, la résistance aux maladies et, plus généralement, la santé globale des plantes.
La plante comme holobionte
Aujourd’hui, la plante n’est plus considérée comme un organisme isolé, mais de plus en plus comme un holobionte,
c’est-à-dire un ensemble fonctionnel et évolutif formé par la plante hôte et
l’ensemble de ses micro-organismes associés et symbiotiques (champignons, bactéries, virus). Le génome combiné de la plante et de ses symbiotes, appelé
hologénome, conditionne de nombreux traits biologiques tels que la
nutrition, l’immunité, l’adaptation aux stress environnementaux (sécheresse) et les mécanismes de défenses naturelles.
Interactions et communications entre plantes et microbiotes
Les plantes hébergent des communautés microbiennes autour de leurs racines (rhizosphère), sur leurs feuilles et à l’intérieur même de leurs tissus. Ces relations sont fonctionnelles, dynamiques et évolutives : plantes et microbes échangent des signaux chimiques, des métabolites, mais aussi des molécules de régulation et du matériel génétique sous la forme de mini séquences appelées microARN.
Ces microARN jouent un rôle clé dans la communication entre les organismes. Ils peuvent réguler l’expression de gènes chez la plante ou chez les microbes associés, modulant ainsi l’immunité, la croissance ou la réponse au stress. Certaines bactéries et champignons peuvent influencer les microARN des plantes, et inversement, ce qui révèle un niveau de communication jusqu'alors insoupçonné.
Note : Les microARN sont des petits ARN régulateurs non codants, d’environ 20–24 nucléotides, produits naturellement par les organismes (plantes, animaux, champignons). Ils assurent une modulation fine de l’expression des gènes, en inhibant ou dégradant les ARN messagers (ARNm). Ils différent des
ARN interférents, issus le plus souvent d’ARN double brin (virus, éléments exogènes), provoquent une extinction ciblée des gènes par interférence ARN.
Nutrition et symbioses racinaires
Parmi les partenaires symbiotiques les plus connus figurent les champignons mycorhiziens. En augmentant considérablement la surface d’absorption des racines, ils facilitent l’acquisition de l’eau et de nutriments essentiels, notamment le phosphore. D’autres micro-organismes du sol, comme certaines bactéries associées aux racines, améliorent la disponibilité de l’azote (nitrates) ou d’oligo-éléments. Grâce à ces symbioses, les plantes tolèrent mieux les sols pauvres, la sécheresse et divers stress environnementaux.
Microbes protecteurs et défense naturelle des plantes
Le microbiote végétal joue également un rôle majeur dans la protection contre les agents phytopathogènes. Certaines bactéries antagonistes et champignons bénéfiques limitent le développement de maladies par compétition, par la production de substances antimicrobiennes (antibiose) ou par la stimulation des défenses naturelles de la plante. Les mycorhizes peuvent aussi renforcer les parois cellulaires (manchon mycélien autour des racines) et surtout activer une résistance systémique, rendant la plante moins sensible aux infections. Ces mécanismes naturels offrent des alternatives aux pesticides chimiques de synthèse.
Vers une nouvelle approche phytosanitaire
La prise en compte du microbiote végétal, des symbioses racinaires, des bactéries antagonistes et des mécanismes de communication comme les microARN bouleverse la vision traditionnelle de la protection des cultures. Elle ouvre la voie à des pratiques agricoles fondées sur des inoculants microbiens, une gestion écologique des sols et l’exploitation des interactions biologiques naturelles.
Cette approche favorise une agriculture plus durable, moins dépendante des intrants chimiques, notamment des pesticides de synthèse dont l’efficacité diminue face à l’apparition de résistances chez les ravageurs et agents phytopathogènes. En misant sur les associations naturelles entre plantes et micro-organismes plutôt que sur leur élimination systématique via des pesticides, il devient possible de repenser la protection des cultures et la lutte contre les ravageurs et les maladies des plantes.
Mieux comprendre les interactions entre les plantes et leurs microbiotes pourrait ainsi renforcer la résistance des cultures aux maladies, réduire l’usage des intrants chimiques (pesticides, engrais) et contribuer à une agriculture plus résiliente, durable et respectueuse des écosystèmes.
Références
Monard, Cécile et Abdelhak El Amrani, 2026. « Les plantes aussi ont un microbiote – pourrait-on s’en servir pour se passer de phytosanitaires ? », The Conversation, 18 janvier 2026 [En ligne] https://theconversation.com/les-plantes-aussi-ont-un-microbiote-pourrait-on-sen-servir-pour-se-passer-de-phytosanitaires-266429
INRAE, 2025. « Plantes et leurs microbes : un duo clé pour une agriculture durable », 6 janvier 2025 [En ligne] https://www.inrae.fr/actualites/plantes-leurs-microbes-duo-cle-agriculture-durable
PestInfos, 2026. « Les mycorhizes : alliées invisibles mais essentielles des plantes », 25 novembre 2025 [En ligne]. https://pestinfos.blogspot.com/2026/01/les-mycorhizes-alliees-invisibles-mais.html